怀孕40天如果已经进行了药流，要是流的很干净没有残留物就不用清宫，但是要是有残留物一定要清宫，否则会病变。再者药流流不干净才清宫，跟多少天没关系，跟妊娠囊大小有关，B超提示妊娠囊2cm以内可以选择药流，如果药流可以流出妊娠囊，那么你自己吃些促宫缩+逐瘀+消炎的药就行。至于你后天能不能流出完整的一团不好说，人与人的身体素质不一样，有的人就可以，有的人就不行。因此一般还是推荐清宫，药流很容易流不干净，并且药流还有很多的坏处。

　　药流主要的危害就是由于药流的成功率低，造成流产不全，引起的各种不良后果。如，1、需要再做一次清宫手术，对身体造成二次伤害，2、流产不全引起大出血，抢救不及时很危险3、流产不全引起感染。还有就是药流后出血量多出血时间久，身体损耗大，子宫恢复慢，而恢复的时间越久，其间由于女性身体免疫力差被感染的概率也就大。如果同样符合做人流的条件的，一般医生是建议做无痛人流的，尤其是第一次怀孕，和以后还想要生育的女性，无痛人流相对安全一些，术后恢复也较快。有部分机构还有人流术后保宫治疗，要先去咨询清楚，不是每家都有的，保宫治疗可以使子宫恢复更快，有效避免一些并发症。更大程度保护子宫，保护再生育能力。